###################################################
### chunk number 1: preliminaries
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#line 5 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
options(width=85, show.signif.stars = FALSE,
        str = strOptions(strict.width = "cut"))
library(ggplot2)
data(timetemp, package="EngrExpt")


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### chunk number 2: timetemp
###################################################
#line 43 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
print(qplot(temp, time, data=timetemp, geom=c("point","smooth"),
            method="lm", se=FALSE), TRUE, vp=viewport(0.2,0.5,0.4,1.0))
print(qplot(temp, time, data=timetemp, geom=c("point","smooth"),
            linetype=type, shape=type, method="lm", se=FALSE),
      FALSE, vp=viewport(0.7,0.5,0.6,1.0))


###################################################
### chunk number 3: lm13
###################################################
#line 59 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
lm1 <- lm(time ~ temp, timetemp)
lm2 <- lm(time ~ type + temp, timetemp)
lm3 <- lm(time ~ type + temp + type:temp, timetemp)


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### chunk number 4: lm13sum
###################################################
#line 65 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
printCoefmat(coef(summary(lm1)))
printCoefmat(coef(summary(lm2)))
printCoefmat(coef(summary(lm3)))


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### chunk number 5: lm13anova
###################################################
#line 80 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
anova(lm1, lm2)
anova(lm2, lm3)


###################################################
### chunk number 6: drop1lm3
###################################################
#line 95 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
drop1(lm3)


###################################################
### chunk number 7: drop1lm3a
###################################################
#line 107 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
drop1(lm3, test="F")


###################################################
### chunk number 8: swiss
###################################################
#line 155 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
str(swiss)
printCoefmat(coef(summary(lm2 <- lm(Fertility ~ ., swiss))))
printCoefmat(coef(summary(mod <- step(lm2))))
drop1(lm2, scale=deviance(lm2)/df.residual(lm2))


###################################################
### chunk number 9: drop1lm2
###################################################
#line 167 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
drop1(lm2)


###################################################
### chunk number 10: drop1lm2take2
###################################################
#line 174 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
d1 <- drop1(lm2)
d1[order(d1[["AIC"]]), ]


###################################################
### chunk number 11: drop1lm2take3
###################################################
#line 180 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
d1 <- drop1(lm2, test="F")
d1[order(d1[["AIC"]]),]


###################################################
### chunk number 12: drop1Cp
###################################################
#line 194 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
drop1(lm2, scale=deviance(lm2)/df.residual(lm2))


###################################################
### chunk number 13: drop1Cptake2
###################################################
#line 198 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/ChSelection.Rnw"
d1 <- drop1(lm2, scale=deviance(lm2)/df.residual(lm2))
d1[order(d1[["Cp"]]), ]