###################################################
### chunk number 1: preliminaries
###################################################
#line 19 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
options(show.signif.stars=FALSE)
.f8 <- "%8f"


###################################################
### chunk number 2: cm0
###################################################
#line 43 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
data(Contraception, package="mlmRev")
summary(cm0 <- glm(use ~ 1, binomial, Contraception))


###################################################
### chunk number 3: cm0coef
###################################################
#line 49 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
str(y <- as.integer(Contraception[["use"]]) - 1L)
mean(y)
qlogis(mean(y))
all.equal(qlogis(mean(y)), coef(cm0), check.attr=FALSE)


###################################################
### chunk number 4: poissondev
###################################################
#line 70 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
poisson()$dev.resids


###################################################
### chunk number 5: binomialdev
###################################################
#line 75 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
binomial()$dev.resids


###################################################
### chunk number 6: ylogy
###################################################
#line 110 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
xx <- 10^(-(10:20))
cbind(xx, xx*log(xx))


###################################################
### chunk number 7: cm3
###################################################
#line 127 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
Contraception <- within(Contraception, ch <- factor(livch != 0, labels=c("N","Y")))
summary(cm3 <- glm(use ~ age*ch + urban + I(age^2), binomial, Contraception))


###################################################
### chunk number 8: dd
###################################################
#line 132 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
str(fitted(cm3))
str(dr <- binomial()$dev.resids(y, fitted(cm3), wt=rep(1, length(y))))
sum(dr)


###################################################
### chunk number 9: predict
###################################################
#line 139 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
str(linpred <- predict(cm3, type="link"))


###################################################
### chunk number 10: qlogis
###################################################
#line 143 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
str(qlogis(fitted(cm3)))


###################################################
### chunk number 11: linkfun
###################################################
#line 147 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
str(cm3$family$linkfun(fitted(cm3)))


###################################################
### chunk number 12: devsaturated
###################################################
#line 172 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
range(binomial()$dev.resids(y, y, rep(1, length(y))))
set.seed(1234)
(yy <- rpois(20, lambda=exp(rnorm(20, mean=2))))
range(poisson()$dev.resids(yy, yy, rep(1, length(yy))))
deviance(cm3)
logLik(cm3)
-2 * unclass(logLik(cm3))


###################################################
### chunk number 13: cbpp
###################################################
#line 184 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
data(cbpp, package="lme4")
str(cbpp)
summary(cm4 <- glm(cbind(incidence, size-incidence) ~ period, binomial, cbpp))


###################################################
### chunk number 14: devcbpp
###################################################
#line 197 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
deviance(cm4)
-2 * unclass(logLik(cm4))


###################################################
### chunk number 15: 
###################################################
#line 205 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
binomial()$aic
binomial()$aic(cm4$y, cm4$prior.weights, fitted(cm4), cm4$prior.weights)


###################################################
### chunk number 16: saturated
###################################################
#line 210 "/p/stat/course/st849-bates/private/Rnw/notes/NullDeviance.Rnw"
binomial()$aic(cm4$y, cm4$prior.weights, cm4$y, cm4$prior.weights)