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### chunk number 1: preliminaries
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options(width=65,show.signif.stars=FALSE)
library(lattice)
library(Matrix)
library(lme4)
#lattice.options(default.theme = standard.theme(color = FALSE))


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### chunk number 2: VerbAggstr
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str(VerbAgg)
stopifnot(nrow(unique(subset(VerbAgg, select = c(item, btype, situ, mode))))
          == 24,
          nrow(unique(subset(VerbAgg, select = c(id, Anger, Gender))))
          == 316)


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### chunk number 3: VerbAggTbl
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round(100 * ftable(prop.table(xtabs(~ mode + situ + resp, VerbAgg), 1:2)), 1)


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### chunk number 4: VerbAggxy
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print(xyplot(resp ~ Anger, VerbAgg, type = c("g", "smooth"),
             groups = Gender, auto.key =
             list(columns = 2, points = FALSE, lines = TRUE),
             xlab = "Anger Index (STAXI)", ylab = NULL,
             aspect = 1.4))


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### chunk number 5: VerbAggm1
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print(fm1 <- glmer(r2 ~ Anger * Gender + situ + btype + mode + (1|id) + (1|item), VerbAgg, binomial), corr = FALSE)


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### chunk number 6: VerbAggm2
###################################################
print(fm2 <- glmer(r2 ~ Anger + situ + btype + mode + (1|id) + (1|item), VerbAgg, binomial), corr = FALSE)


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### chunk number 7: VerbAggm3
###################################################
print(fm3 <- glmer(r2 ~ Anger + situ + btype + mode + (1|id:btype) + (1|id:situ) + (1|id:mode) + (1|id) + (1|item), VerbAgg, binomial), corr = FALSE)


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### chunk number 8: itemREplot3
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print(dotplot(ranef(fm3, post = TRUE), strip = FALSE)$item)


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### chunk number 9: idREplot3
###################################################
print(dotplot(ranef(fm3, post = TRUE), scales = list(y = list(draw=FALSE)), strip = FALSE)$id)


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### chunk number 10: VerbAggm4
###################################################
print(fm4 <- glmer(r2 ~ Anger + situ + btype + mode + (1+situ+btype+mode|id) + (1|item), VerbAgg, binomial), corr = FALSE)